港湾事業特別会計における消費税修正申告の事案について

　令和5年度に発生しました港湾事業特別会計における消費税修正申告の事案について、次のとおりご説明いたします。

　令和5年12月、石垣税務署より、「国税に関する実地調査」に基づく港湾事業特別会計について、平成30年から令和4年までの過去5年度分の資料について調査を実施した結果、平成30年度、令和元年度、令和4年度については適正に申告されているものの、令和2年度及び令和3年度については修正申告が必要との指摘を受けました。

　指摘の内容は、令和2年度及び令和3年度の「課税期間分の消費税及び地方消費税の確定申告書」において、申告書作成の際、控除税額、控除対象仕入税額を計算する過程で、誤りがあるというものです。

　具体的には、仕入控除税額の計算の特例として、地方公共団体の特別会計においては収入（歳入）における不課税収入（例：繰入金、起債等）のうち特定収入（例：補助金、交付金等）にかかる支出（歳出）の控除は不可とすべきところ、誤って控除対象として算定したことにより、過少申告と指摘をうけたものです。

これにより、下記のとおり61,878,800円を修正申告後、速やかに納付しております。

・令和2年度（課税期間：令和2年4月1日～令和3年3月31日）

　修正申告による納付額19,605,000円

　加算税として2,851,500円

・令和3年度（課税期間：令和3年4月1日～令和4年3月31日）

　修正申告による納付額33,112,700円

　加算税として4,941,500円

・2か年分の修正申告に係る延滞金1,368,100円

　今回の事案に関し、真摯に反省し、市民、港湾利用者並びに関係者の皆様へ深くお詫び申し上げるとともに、再発防止対策として、今後は申告書作成の後、税務署へ提出する事前に税理士事務所等、専門家へ確認を依頼することとしております。

　港湾行政並びに港湾事業特別会計について、なお一層適正執行に努めてまいります。